一、目录权限设置很重要：可以有效防范黑客上传木马文件.

如果通过 chmod 644 * -R 的话，php文件就没有权限访问了。
如果通过chmod 755 * -R 的话，php文件的权限就高了。

所以就需要分开设置目录权限和文件权限：

linux 服务器权限：经常要用到的命令:

find /path -type f -exec chmod 644 {} \;  //设置文件权限为644
find /path -type d -exec chmod 755 {} \;  //设置目录权限为755

设置完成后，再通过命令：chown root:root * -R 将目录和文件的所有者改为root。

这样就更加安全了。

FTP用户，确定使用的是linux主机。windows需要登录到服务器中设置。
进入到phpcms 安装根目录，选取所有文件：
设置数字值为：755，同时选定：选择递归处理子目录，只应用到目录
同样再选择所有文件，数字值为：644，选择递归处理子目录，只应用到文件
如果设置错了，重新再设置就可以了。

二、Linux find命令 查找可疑的木马文件

查找：30天内被修改的文件
find  ./  -mtime  -30  -type f  -exec ls -l  {} \;
找到目录下所有的txt文件
find ./ -name "*.txt" -print
找到目录下所有的txt文件并删除
find ./ -name "*.txt" -exec rm -rf {} \;
找到目录下所有的php文件 并且在30天之类被修改的文件
find  ./ -name "*.php" -mtime  -30  -typef  -exec  ls -l  {} \;
找到目录下所有的php文件，同时，满足 30天以内，1天之前的
find ./ -name "*.php" -mtime -30 -mtime +1 -type f -execls -l {} \;

三、通过apache配置限定：

1、apache 下 禁止目录执行php 
通过目录下面放置 .htaccess文件来限制权限。
该方法会将php文件当做附件并下载。同时，可以通过浏览器访问到文件。
php_flag engine off

使用场景：在下面目录放置
\uploadfile\
\statics\
\html\
\phpsso_server\uploadfile\
\phpsso_server\statics\

2、禁止通过浏览器访问所有文件

通过目录下面放置 .htaccess文件来限制权限。
RewriteEngine on
RewriteRule ^(.*) /index.html

使用场景：
\caches\
\phpsso_server\caches\

3、禁止php跨目录浏览权限配置：

虚拟主机配置样例：
<VirtualHost *:80>
    ServerAdmin root@phpip.com
    DocumentRoot /data/wwwroot/www
    ServerName www.phpip.com
    <Directory  /data/wwwroot/www>
        Options  FollowSymLinks
        AllowOverride Options FileInfo
        Order allow,deny
        Allow from all
        php_admin_value open_basedir /data/wwwroot/www/:/var/tmp/
        DirectoryIndex index.htm index.html index.php 
    </Directory>
    ErrorLog "| /usr/sbin/rotatelogs /data/logs/%m_%d_www.phpip.com-error_log 86400 480"
    CustomLog "| /usr/sbin/rotatelogs /data/logs/%m_%d_www.phpip.com-access_log 86400 480" common
</VirtualHost>

4、按天存放apache日志：

参考上面配置文件：
    ErrorLog "| /usr/sbin/rotatelogs /data/logs/%m_%d_www.phpip.com-error_log 86400 480"
    CustomLog "| /usr/sbin/rotatelogs /data/logs/%m_%d_www.phpip.com-access_log 86400 480" common

文件权限
　　安装文件
　　删除/install安装目录
　　文件权限
　　PHPCMS安装结束以后，在您不需要对系统核心配置文件进行修改时，请将phpcms文件夹属性修改为644(windows服务器下登录服务器直接修改时请设置为“只读”)
　　虚拟主机控制面板-安全设置-设置执行/写入权限 web/phpcms取消此目录的执行、写入权限 关闭网站即web的写入权限ftp将无法上传或修改任何文件，同时网站无法再发文缓存，遭受恶劣攻击时可以这么做。因为虚拟主机服务器上有非常多的网站空间，如果别人没有取消权限，黑客或许可以找到漏洞进行跨站修改。
　　读取权限就点击查看权限，写入权限就是上传东西到ftp的权限，执行权限就是asp和php脚本的权限，如非必要不必开启，为了网站安全考虑。
　　在线编辑
　　caches\configs\system.php
　　'tpl_edit'=>1,//是否允许在线编辑模板
　　将1改为0取消后台在线编辑模板
　　错误提示
　　caches\configs\system.php
　　'debug' => 1, //是否显示调试信息
　　1修改为0
　　开了就是如果前台出现了sql错误等信息 就不显示具体的错误代码 用一行文字代替
　　不会暴露程序信息
　　后台设置
　　帐户安全:将后台地址admin.php改为自定义，用户名不要使用常见用户名，密码字母数字组合，用户名密码不重复包含。在前台发布的文章的编辑和作者中不要显示真实的用户名。
　　安全配置：设置-安全配置(后台登陆次数、间隔、域名<慎用>)
　　角色权限：设置-角色管理(成员、权限、栏目)
　　口令验证：设置-管理员管理-口令卡，设置后登录时需要输入动态密码(选用)
　　木马查杀：扩展-木马查杀
　　操作日志：扩展-后台操作日志
　　前台安全
　　会员系统
　　注册：用户-会员模块配置(是否允许注册、邮箱手机验证、验证码等)
　　权限：用户-管理会员组(组别权限)
　　投稿：一级栏目修改-权限设置，应用到子栏目(游客不允许);工作流：一级审核
　　会员中心：在线投稿，删除转向链接
　　前台文章：作者昵称(管理员显示站名)
　　友情链接
　　后台模块配置不允许申请，首页删除申请链接入口，防止恶意提交，页脚留QQ就行了
　　升级补丁
　　在线升级：做好备份，扩展-在线升级，选中升级，注意不要选中模板，否则你改的模板将全变成默认的，升级后台有些会还原，再次修改即可，升级后根目录会增加install安装目录，将之删除。
　　手动升级：做好备份，官方补丁下载，比对替换。
　　保护查杀
　　保护加速：360网站卫士、安全联盟加速乐
　　漏洞查杀：360网站检测、安全联盟